神农本草经，目前所传均为辑本，但离原本相差都不太大，陶弘景本草集注按红字黑字进行初步扩充，条目翻倍，证类本草等进行大幅扩充，条目达千余条，但仍然保存本经白字，增补为黑字，本经原貌并未发生根本性改变，内容也有所依存。目前存本中，本草经集注只余序录，流传较广的为孙星衍辑本、徐灵胎三家合注本（湖北有明天启五年刻本）、徐灵胎百种录、陈修园本草读、森立之辑本等版本。

明刻本中卢复书籍芷园医种卷一为神农本草经辑本，数量为三百六十五中，有明万历刻本，拟对其切分黑白处理。

重修政和经史证类本草存本较多，四部丛刊影本为宋淳祐九年（即蒙古定宗四年）平阳张存惠刊本，原本也有多处保存，此为阙卷。拟从中节选神农本草经内容，本经数量删节了十余种。

神农本草经疏为明代缪希雍注本，有明天启刻本，缪与卢关系密切，同为医术高超的大医。